राष्ट्रीय जल अकादमी एक मुख्य अभियंता की अध्यक्षता में एवं आठ स्थायी संकायों की एक संरचना है | स्थायी संकाय में केन्द्रीय जल अभियान्त्रिकी सेवा समूह 'क' (CWES-Group ‘A’) के वे अधिकारी शामिल है, जिन्हें जल संसाधन विकास और प्रबंधन में लंबे समय तक का अनुभव है | अतिथि संकाय में भारत में श्रेष्ठ विश्वविद्यालयों और प्रमुख अनुसंधान केन्द्रों के शिक्षाविदों, वैज्ञानिकों के साथ- साथ अन्य संगठनों और एजेंसियों के अभ्यासरत पेशेवरों और विशेषज्ञों को शामिल किया जाता है |